鉴于上岛因为股东关系的问题而限制发展的教训，新创立的迪欧咖啡排除了原来上岛咖啡股东的加入。而在新的股东结构中，同样基于上岛的教训，王阳发逐步限制了股东干预经营的权力，以确保一个强有力的经营决策中心。
在2005年年底的一次股东会议上，王阳发甚至对他几个一同创业的合作伙伴说：“从今以后，在执行业务决策的时候，忘记你们是股东。”
为了避免因为股东层的关系影响加盟业务的发展，王阳发可谓不惜一切代价，使一些股东可以体面地退出经营决策层。角色的转换给起初一起参与迪欧创业的伙伴带来很多心理上的落差和不理解，但却确保了在迪欧创业第一阶段必需的一个强有力的经营决策中心。
“这种人事的变革其实是最痛苦的。但因为有了人事的改变，才有了制度的完善和经营目标上的统一性。”王阳发对《中外管理》记者说，“这样我可以更集中精力去完善内部的培训。虽然我加盟少做了，钱少赚了，发展的速度变慢了，但是我可以用更多的精力去完善我们团队的建设，为下一步的发展打下扎实的基础。”
团队：将“锁链”变成“翅膀”
理顺了股东关系，接下来的重点工作就是企业团队的建设。王阳发认为：如果企业团队不够健全的话，在加盟发展的过程中会造成很多问题，带来管理上的混乱。
“我经常跟我们的员工讲，我们不是利益结合，希望我们是从理念上的结合。我希望新进来的人，在工作态度上、价值观念上、理念行为上，都是能够比较相一致的。结合这一点，至于你能做什么，是比较不确定的。一个企业需要方方面面的人：要有活泼的，要有稳重的，都需要，需要形形色色的人。”王阳发如此表达了他的用人理念：“通常认为：要找对的人去做对的事。而我更强调：在适当的时候做适当的行为，没有一个绝对的标准。”
这个深受西方“存在主义”哲学思想
影响的咖啡连锁掌门经常对他的员工说：“你来做这个职位，不是一辈子的事情。希望你能够有更多的转换轨道，有更多激发自己潜能的能力，能够更全方位地、更深地、更广地多去学习。”
正如存在主义哲学代表人物萨特反对任何人生中的“阻逆”因素一样，王阳发给与他的员工充分自由的发展空间。
“我们鼓励员工去探索按照组织和环境的现有状况下，他们在责任范围内可以做的事情……考虑到行业的动态变化，我们应当充分利用我们员工的聪明智慧，积极对公司进行再创造，因为今天行得通的东西可能明天就不管用了。”王阳发说。
迪欧咖啡的一位高级副总裁甚至告诉记者：“在没来到迪欧之前，我很自负，我相信我有很强的专业能力。后来跟王总交流的时候，才觉得原来那种自负是一条锁链，它把我限制在一定的范围里面，限制了我的人生。王总总是给我一些启发，他似乎有能力把我这条锁链变成翅膀，我现在有这种感觉了……”
管理核心团队的关键是激发他们的潜能。王阳发说：“中高层是相对少数的人，是管理层，主要是训练他们的自觉性。需要去激发他们的潜在能力，提供更多的发挥空间。人的智慧来自于你的自觉性，有自觉性才会去思考：怎么做比较好？什么该做？什么不该做？需要去思考，去思考才会有智慧，才能释放出潜能。”
心态：谢绝“成功”
迪欧管理总部目前的组织架构包括：苏州迪欧餐饮管理有限公司、苏州上岛餐饮管理有限公司和迪欧生产中心。
其中苏州迪欧餐饮管理有限公司负责迪欧咖啡连锁的加盟业务，苏州上岛餐饮管理有限公司则负责王阳发在上岛作为大股东所管辖的江苏、河南和辽宁三省上岛咖啡品牌的开发和加盟事务。
迪欧生产中心又分为迪欧食品、迪欧家具和左帅贸易（物流）三个公司，均是迪欧餐饮投资的子公司。迪欧食品负责咖啡烘焙，咖啡辅助配料加工、加工咖啡豆、咖啡、茶饮料、蛋白饮料、果蔬饮料及其罐装产品等，同时销售公司自产产品。在物流配送体系的支持下，确保“迪欧”品牌下各直营店及加盟连锁门店统一稳定的产品品质。
而迪欧家具有限公司则包含了家具、招牌广告和铁件铁艺等产品的生产制作，提供“迪欧”各直营店及加盟连锁门店独具“迪欧”餐饮连锁特色的家具设计、制作到运送安装一条龙服务。
王阳发说迪欧的使命是要成为行业的标准：“社会在进步，标准也在改变，是动态的。我们希望在国内这个领域，这个市场上能真正成为一个领先、有影响力的品牌。”
已过知天命年纪的王阳发，在面对记者问及如何看待自己的成功时，给记者讲了一个小故事：
2002年的时候，台湾联合报系一个派驻上海的记者想采访台商在大陆经商成功的案例，找到了迪欧咖啡。当时王阳发告诉他：“希望你给我时间，再过三年后，我相信我比较有资格来做你这个题材的报道。”
三年很快就过去，而此时的迪欧咖啡已经在中国餐饮连锁行业崭露头角。到2005年，这个记者果然再次登门拜访。这时王阳发却告诉他说：怎么三年这么快就过去了？不过如果今天你要是还就那个话题采访我的话，我会告诉你，再给我三年的时间。
“我们还在草创，永远、永远都是在摸索、学习和发展的过程中。如果今天我认为我有一定的成就了，往后就注定要失败的。”王阳发对《中外管理》记者说，“我不认为现在叫成功。因为我对成功的定义，是在不断超越我的兴趣。我的兴趣不在于我做多大，我也没有必要跟比尔·盖茨比，我只要跟自己比。成功就是不断超越过去。”